Основной единицей в системе живых существ служит вид. К настоящему времени существует множество определений вида, однако общепринятого понятия нет. Под видом понимается совокупность популяций особей, способных к скрещиванию с образованием плодовитого потомства, населяющих определенный ареал, обладающих рядом общих морфофункциональных признаков и типов взаимоотношений с абиотической и биотической средой и отделенных от других таких же групп особей практически полным отсутствием гибридных форм (определение дано по Биологическому энциклопедическому словарю, М., 1986). Даже это достаточно полное определение не всегда применимо, например, когда речь идет об ископаемых видах или видах, не имеющих полового размножения (некоторые простейшие).
Виды объединяются в таксономические категории более высокого ранга. Так, виды объединяются в роды, роды — в семейства, семейства — в отряды, отряды — в классы, классы — в типы. Например, человеческая аскарида Ascaris lumbricoides принадлежит к роду Ascaris, семейству Ascarididae, отряду Ascaridata, классу Nematoda, типу Nemathelminthes. Иногда требуется более дробное деление, и в этих случаях к названиям таксономических категорий добавляют приставки над-, под-, инфра-. Таксоны имеют латинские названия. Кроме латинских корней, в названиях используются греческие корни, имена, фамилии, географические названия и т. д.
Присвоение названий видам, родам и семействам подчиняется правилам международной номенклатуры. Существует непреложное требование сохранения приоритета в названии: в случае повторного описания вида ему возвращается первоначальное название. Названия подчиняются правилу бинарной номенклатуры, которое ввел Карл Линней. Так, название вида состоит из двух слов: первое — существительное, обозначает род и пишется с прописной буквы. Второе слово — прилагательное, обозначает вид и пишется со строчной буквы. В тексте название вида выделяется курсивом. После видового названия указывается автор описания и год, когда это описание было выполнено (Cucecullanus cirrarus, Muller, 1777).
Родовое название может использоваться без видового, например, Ascaris — аскарида. Но видовое название без родового не используется. Так, Balantidium — это род инфузорий. Паразит кишечника человека — Balantidium coli, однако название coli — «кишечный» носят и другие виды — Entamoeba coli (паразитическая амеба), Echerichia coli (кишечная палочка) и т. д.
Таксоны выше родового всегда пишутся с прописной буквы и согласуются с множественным числом: «Ascarididae представляют собой паразитических нематод…». Названия семейств всегда оканчиваются на -idae, подсемейств — на -inae, надсемейств — на -oidea. Окончания других таксономических категорий могут быть различными, и не существует строгих правил, которые бы их определяли.